芽孢是会被染色的。
细菌的芽孢具有厚而致密的壁,透性低,不易着色,若用一般染色法只能使菌体着色而芽孢不着色(芽孢程无色透明状)。 芽孢染色法就是根据芽孢既难以染色而一旦染色后又难以脱色这一特点,用着色力强的染色剂孔雀绿,在加热条件下,延长染色时间,使染料不仅进入菌体也进入芽孢内,进入菌体的染料经水洗后被脱色,而芽孢一经着色就难以被水洗脱,当用对比度大的复染剂番红复染后,芽孢仍保留初染剂的绿色,而菌体则被染成复染剂的红色。
芽胞是细菌的一种休眠形式，有些细菌含有芽胞，有些细菌不含有芽胞，含有芽胞的细菌是在特殊的环境条件下，细菌的胞浆以及核质浓缩脱水而形成，表现为圆形或者椭圆形。芽胞含有细菌生存和繁殖所需要的所有物质，在适宜的条件下，芽胞可以萌发形成繁殖体。
芽胞对于外界的抵抗力比较强，对于光、热、紫外线以及常见的消毒剂，具有较强的抵抗力。对于一般的细菌，加热100℃大约五分钟左右就可以杀灭，而对于芽胞，加热100℃大约需要1-3个小时才能够彻底杀灭，所以芽胞作为彻底灭菌的标准，临床常见含有芽胞的细菌，比如引起伤口感染的产气荚膜梭菌、破伤风梭菌、炭疽杆菌以及肉毒杆菌等，是临床比较常见含有芽胞的细菌。
