芽孢是孢子的。
芽孢(endospore)又称内生孢子，是细菌休眠体。尽管芽孢与孢子的英文名称均为spore，但二者的界限从来就没有混淆过，微生物学界也不曾有过分歧意见。恶劣环境下，一个细菌产生一个芽孢，条件适宜时重新成为一个细菌，数量没有增加，因此芽孢不是细菌的繁殖体，是休眠体，因此称作“芽胞”更为确切。
芽胞是细菌的一种休眠形式，有些细菌含有芽胞，有些细菌不含有芽胞，含有芽胞的细菌是在特殊的环境条件下，细菌的胞浆以及核质浓缩脱水而形成，表现为圆形或者椭圆形。芽胞含有细菌生存和繁殖所需要的所有物质，在适宜的条件下，芽胞可以萌发形成繁殖体。
芽胞对于外界的抵抗力比较强，对于光、热、紫外线以及常见的消毒剂，具有较强的抵抗力。对于一般的细菌，加热100℃大约五分钟左右就可以杀灭，而对于芽胞，加热100℃大约需要1-3个小时才能够彻底杀灭，所以芽胞作为彻底灭菌的标准，临床常见含有芽胞的细菌，比如引起伤口感染的产气荚膜梭菌、破伤风梭菌、炭疽杆菌以及肉毒杆菌等，是临床比较常见含有芽胞的细菌。
